台灣中醫臨床醫學會為鼓勵優秀著作，獎掖各界專家投入研究，以利中醫藥發展，特設「傑出研究獎」，每年頒發傑出臨床著作或傑出醫史著作，並有獎狀及獎金。本獎項迄今得獎名單如下：

• 2021傑出醫史研究獎：真柳誠著、郭秀梅譯『黄帝醫籍研究』
• 2022傑出臨床研究獎：李家雄 『圖解中醫學系列』（臺北：五南。2021）
• 2023傑出醫史研究獎：皮國立 『全球大流感在近代中國的真相』（臺北：時報。2022）
• 2024傑出臨床研究獎：黃煌等 『黃煌經方使用手冊漢英雙語增修版』（北京：中國中醫藥出版社。2023）
• 2025傑出醫史研究獎：文樹德 『本草綱目金陵本譯釋』（加州：加州大學出版中心。2024）
• 2025傑出臨床研究獎：于立忠原著、林高士編著 『于立忠教授行醫經驗傳承錄』（臺北：知音。2025）